한국조세재정연구원KIPF 한국조세재정연구원

□ 한국조세재정연구원(원장 이영)은 2025년 1월 24일 (금)『재정포럼』2025. 1월호를 발간함.

 ㅇ 본 발간물은 한국조세정연구원의 대표 정기간행물로, 조세·재정·공공기관 관련 주요 이슈와 최신 동향에 대한 연구결과 및 분석을 담고 있음.

□ 김빛마로 연구위원은「우리나라 R&D 조세지원 현황 및 개선 방향: 연구·인력개발비 세액공제를 중심으로」에서 정부 재정의 효율적 운영의 관점에서 연구·인력개발비 세액공제 제도의 개선 방향을 모색함.

 ㅇ 민간의 혁신을 촉진하기 위해 정부 지원을 확대하는 정책 방향은 큰 틀에서 바람직하다고 판단되지만, 연구개발(R&D) 관련 정부 지원에 막대한 예산이 투입되고 있으므로 이를 효율적으로 운영하는 것은 재정 관점에서 중요함.

   - 여러 선행연구에서 우리나라 민간 R&D의 양적 성장 대비 낮은 질적 성과를 지적하고 있으며, R&D에 대한 조세지원 제도가 대부분 반영구적으로 운영*되고 있음을 고려하면 해당 제도에 대한 평가 및 개선 방향 모색이 필요함.

     * 일반 분야 연구･인력개발비 세액공제(조특법 제10조 제1항 제3호)는 별도의 일몰 조항이 없으며, 신성장･원천기술(조특법 제10조 제1항 제1호) 및 국가전략기술(조특법 제10조 제1항 제2호)의 경우 도입 이후 계속해서 적용 기한이 연장되어 운영되고 있음.

□ 연구·인력개발비 세액공제는 2023년 실적 기준 연구개발 분야 총 조세지출액 가운데 91% 이상을 차지*하고 있으며, 기업의 활용도가 가장 큰 연구개발 관련 조세지원제도로서 민간의 혁신 활동을 장려하는 데 핵심적 역할을 하고 있음.

     * 「조세지출예산서」에 따르면 2023년 실적 기준 연구･인력개발비 세액공제 지출액은 4조 6302억원으로, 연구개발 분야에 대한 총 조세지출액(5조 643억원) 가운데 91.4%를 차지하는 것으로 나타났으며, 2024년과 2025년에도 그 비중이 80% 이상일 것으로 전망됨.

 ㅇ 특히 ▷연구개발 활동에 내재한 불확실성 ▷혁신 결과물이 가지는 긍정적 외부효과 ▷핵심 산업 육성을 위한 해외 주요국의 조세 및 재정 지원 확대 경향 등을 고려하면 동 제도의 필요성은 인정된다고 판단됨.

   - 다만, 일반적인 R&D에 비해 높은 수준으로 지원하는 우대 기술(신성장･원천기술 및 국가전략기술)의 범위가 제도 도입 이후 꾸준히 확대되어 온 반면, 기술의 상용화, 지원 필요성 감소 등의 이유로 우대 기술에서 제외된 경우는 매우 제한적인 것으로 나타났으며,

   - 세무행정 측면에서 사전심사 및 조사 구조가 복잡하여 기업의 납세협력비용을 높이고 사전 검증 의향을 저해할 가능성이 있고, 과세 관청의 사전·사후 검증 노력이 충분한지에 대해서도 재고의 여지가 있어 보임.

□ 민간 혁신 활동에 대한 정부의 적극적 지원이 지속해서 이루어질 필요가 있다는 점을 전제로, 재정 관점에서 크게 두 가지 제도 개선 방향을 논의함.

 ㅇ (제언①) 우대 기술 범위의 비대화 방지: 높은 수준의 지원이 필요한 핵심 기술로 신성장･원천기술 및 국가전략기술의 범위를 제한하고, 이미 상용화되었거나 첨단화 수준이 높지 않은 기술, 경제 안보 측면에서 중요성이 떨어지는 기술 등은 우대 기술 범위에서 제외하는 것을 고려할 필요가 있음.

   - ▷R&D에 대한 우리나라 정부의 지원 수준이 국제적으로 높은 편이라는 점 ▷신성장·원천기술 및 국가전략기술을 중심으로 동 제도의 조세지출 규모가 급격히 확대되고 있다는 점 ▷최근의 어려운 재정 여건 및 향후 예상되는 인구구조 변화 등으로 중장기적 재정건전성 확보 필요성이 크다는 점 등을 종합적으로 고려할 필요가 있음.

 ㅇ (제언②) 국세청에 의한 검증 강화: 제도의 오남용 방지를 위한 과세당국 차원의 노력을 강화하고, 특히 혜택 수준이 높은 신성장･원천기술 및 국가전략기술 관련 신청 건에 대해서는 검증 비중을 확대하는 것이 필요함.

   - 제도의 특성상 과세당국 차원의 검증 필요성이 크고, 최근 동 제도 조세지출 규모가 급격히 확대되고 있다는 점 등을 고려할 필요가 있음.

□ 자세한 내용은 한국조세재정연구원 홈페이지(www.kipf.re.kr) 연구발간자료에서 열람할 수 있음.